神經內科是克拉瑪依市及周邊地區神經內科疾病唯一診治專科，承擔本地區神經內科疾病的診斷、治療、預防以及教學、科研工作。科室現有醫護人員25人，其中4人碩士學歷（醫生組），10人本科學歷，副主任醫師4人，腦血管介入專家1人，中級職稱6名，初級職稱15名，承擔著大量的教學任務，人才梯隊結構合理，專科發展實力強。         科室開放床位共計38張，包括腦卒中單元、重癥監護病房及普通病房，有肌電圖室，腦血管病，癲癇、顱內感染等病種是神經內科研究重點。

感染科有醫護人員21名，其中，主任醫師3 人，副主任醫師1 人，主治醫師2 人，住院醫師4人。主管護理師3人，護理師3人，護士5人。實際開設床位50張。診治范圍為各種感染性內科疾病尤其對各類肝炎及其晚期并發癥的診治及各系統結核病的診治。獲市局級及院級科技成果十余項，在各類專業雜志及學術會議上發表和交流學術論文數十篇。

血液腫瘤科目前共有醫護人員43人，其中主任醫師4名，副主任醫師5名，副主任護師1名，其中博士研究生學歷1人；碩士研究生學歷9人。科室目前實際開放床位56張。是自治區癌痛規范化治療病房，腫瘤專業為自治區重點專科。目前擁有腫瘤內科、腫瘤放療及血液內科三個亞專業組，同時擁有獨立的血液病實驗室1個，腫瘤相關檢測實驗室1個，擁有先進醫療設備，已成為北疆地區具有較高影響力的特色專科，也是克拉瑪依地區實力最強的腫瘤治療專科及唯一的血液病專科。

中心醫院心血管內科是自治區重點專科，是我市唯一心血管專業、心臟病介入治療的專科。是克拉瑪依市及周邊地區心血管危重、疑難患者的診斷和治療基地。

目前心血管內科有醫護人員47人，醫生16人，護士31人，碩士學歷11人，正高人員2人，副高4人，具有先進、完備的儀器設備，擁有雄厚的科研力量和較高的科研水平，近年來主持及參與國家、省級、市級課題10余項，獲市級課題一、二、三等獎。發表論文10余篇，其中SCI收錄1篇。

克拉瑪依市中心醫院腎病風濕科是本地區唯一的集科研，臨床、教學、預防為一體的自治區臨床重點專科，床位編制30張，血液透析機30臺。全科現有醫務人員35名，醫生11名，護士24名，其中高級職稱5人、中級職稱14人，初級職稱16人，專業血透護士13人，有碩士研究生5人。自治區重點專科。

呼吸與危重癥醫學科是自治區重點專科。現有工作人員53人，醫師15人(高級職稱6人，中級職稱3人，初級職稱6人)，期中碩士以上學歷5人。碩士研究生導師1人，護理人員38人，開設床位57張，其中呼吸重癥監護病床10張，普通病床41張，睡眠病床6張。病房區域分一病區、二病區、呼吸重癥監護治療病房、肺功能室、氣管鏡室、睡眠室、呼吸實驗室。在門診樓設有呼吸科門診、鼾病門診。為中日友好醫院呼吸專科醫聯體成員單位，與疆內外多家醫院開展遠程會診及合作項目。

消化科擁有消化內鏡診療中心、消化實驗室。儀器設備在國內居于領先水平，配套設施完善備，滿足臨床及科研需要。是本地區消化疾病診治的重點科室，承擔著消化疾病急危重癥救治和常見病的診治、相關疾病的防治以及教學、科研任務工作。在診治消化道出血，肝硬化，重癥胰腺炎，炎癥性腸病、重癥腸道感染等消化系統疾病的診治方面有明顯優勢。